La iglesia de San Juan fue, en un principio románica, y aunque había sufrido varias reformas, se decidió, hacia 1504, su ampliación, transformándose en un templo gótico. Esta parroquia ha sido muy importante en el acontecer de la ciudad, pues desde el siglo XIII se reunían bajo sus soportales los regidores cuando no había de Ayuntamiento, y era la sede del llamado banco de San Juan, uno de los bandos en los que se organizaba el concejo de la ciudad y representado por el linaje de Esteban Domingo, es decir, los Dávila con trece roeles en su escudo.
La reforma del siglo XVI fue diseñada por Martín de Solórzano, el cual, pese a partir hacia Plasencia al poco de firmar los contratos de construcción, definió las trazas y líneas maestras del templo, comenzando en 1504 y continuándose a lo largo de todo el siglo, y continuando las obras Pedro Guelmes y Pedro de Gumiel. El templo se estructura con una nave central, con tres desiguales tramos que cubrieron con bóvedas, y con capillas irregulares en los laterales, aunque no se sabe hasta qué punto la estructura anterior del templo condicionó la planta del nuevo. Un poco por su planta, la traza de las bóvedas, los perfiles de los arcos y el juego bícromo de los materiales – la sillería gris granítica de los muros y las bóvedas con ocre arenisca románica reutilizada – recuerdan un poco al monasterio de Santo Tomás.
En 1537, el mismo maestro levantó frente a la puerta norte, una torre gótica que cegó una de las ventanas del templo, y que se llamó “torrejón”, constando de tres cuerpos de campanas y chapitel que se puede apreciar en la vista de Ávila de Wyngaerde (1570). El mismo torrejón fue sustituido por la actual torre hacia 1700. Además, en 1539 se instaló la campana llamada “zumbo”, traída desde Olmedo, que marcaba las horas y el ritmo de la vida de los abulenses, y que llevaba grabado el escudo de armas de la ciudad y dos cruces, junto con la leyenda “esta campana o reloj mandaron hacer justicia y regidores de esta ciudad a su costa y es suya. Hizose año de 1539”. Un año después se colocó el reloj de la torre, traído de Medina del Campo y comprado a Juan Jalón, pagando 100 ducados de oro por el artilugio.
Hacia mediados del siglo XVI se acometió una nueva reforma, esta vez de la cabecera para acoger la capilla funeraria de Sancho Dávila, el Rayo de la Guerra, entre 1559-1598. Pese a que su primera intención fue enterrarse en la catedral, su deseo no pudo verse cumplido, y también, pese a pertenecer al linaje de Blasco Jimeno, los Dávila de los seis roeles, por sus méritos y como reconocimiento a sus méritos, le fue concedido el privilegio de poder enterrarse en la sede del banco de San Juan, del linaje de los Dávila de los trece roeles.
En la capilla intervinieron Pedro Tolosa, Diego Martín de Vandadas y Francisco de Arellano, que en 1570 realizaron las capillas laterales con bóvedas de horno aveneradas, y a partir de 1585 serán Diego Martín de Vandadas, Cristóbal Jiménez y Francisco Martín quienes terminen el edificio. El resultado es una cabecera cubierta por una gran bóveda de cañón con motivos geométricos, que incorpora un altar elevado con dos hornacinas laterales de enterramiento en el que va incluida una gran cripta funeraria con bóveda de medio cañón fajeados y con lunetos de ajustada estereotomía.
Es considerada un ejemplo del último lenguaje renacentista cercano al purismo escurialense.
En esta misma iglesia fue bautizada, el 4 de abril de 1515, Teresa de Cepeda y Ahumada, en la misma pila bautista que se conserva en el templo y, curiosamente, el mismo día que se inauguraba el monasterio de la Encarnación, el mismo donde años después sería Teresa su priora.
En la edición de Las Edades del Hombre, «Teresa, Maestra de Oración» la iglesia de San Juan Bautista fue una de las tres sedes abulenses y acogió el Capítulo Cuarto «Maestra de Oración«, donde se desarrolló la exposición centrada en la meditación, la oración y la búsqueda de Cristo a través del Evangelio por parte de Teresa de Jesús.
Más que murallas 