Nació en el lugar de Navarregadilla, perteneciente a Santa María de los Caballeros (Ávila), hacia 1493, siendo bautizado en la iglesia parroquial de Barco de Ávila a los nueve días de su nacimiento. Sus padres pertenecían a una familia de hidalgos acomodados próxima al cardenal Cisneros. Su padre, Juan Jiménez de Ávila García, era descendiente de los Cimbrones y García extremeños, primo del Cardenal Cisneros y Señor de Navarregadilla; y su madre María González Dávila Gasca, bisnieta del caballero castellano Gil González Dávila, Señor de Puente del Congosto (Salamanca).
Los primeros años de su vida los pasa en Barco de Ávila, pero debido a las circunstancias familiares (enfermedad de su padre), Pedro es llevado a vivir a Puente del Congosto con su abuelo materno, Pedro García Gasca, señor de la villa. No habiendo en la villa “dómine” que se encargara de su enseñanza, a los diez años vuelve a El Barco de Ávila, donde estudió Humanidades con el Bachiller Minaya, en compañía de sus hermanos: Juan, Francisco y Diego. Durante varios años se formó con el Bachiller, el cual, complacido de la inteligencia de su discípulo, aconsejó a sus padres que le llevaran a Salamanca a continuar sus estudios de la carrera eclesiástica, a la cual se veía llamado.
Poco tiempo estaría el joven estudiante en Salamanca, pues al ir su padre a consultar a un médico la dolencia crónica que padecía, su mal se agravó y hubo de ser trasladado en una silla de manos de Salamanca a Navarregadilla, donde murió poco después (1513). Diego González Dávila, hermano de su padre, fue a Barco a consolar a su cuñada y a poner en orden los asuntos familiares, y contentado de la inteligencia de sus sobrinos Pedro y Diego, los llevó consigo a la recién fundada Universidad de Alcalá de Henares, donde Pedro estudió durante once años, manifestándose como un alumno sagaz, intrépido, enérgico y fidelísimo al Rey, como demostró luchando en el bando realista en la guerra de las Comunidades. Tras realizar excelentes exámenes, fue el segundo alumno que se graduó con el título de Maestro en Artes y el primero en conseguir el título de Maestro en Teología, con aplauso unánime de profesores y alumnos.
Desde que se graduó en Alcalá, Pedro de La Gasca firmó siempre como el «Licenciado La Gasca», sin adoptar nunca los apellidos que le correspondían, Jiménez de Ávila y García y González Dávila, al igual que sus hermanos. Quizá adoptara este apellido al elegir los apellidos que más le gustaban, como era costumbre, por afinidad a la familia materna o considerarlo de mayor abolengo que el Ximénez de Ávila.
Posteriormente pasa a estudiar en Salamanca Derecho Civil y Eclesiástico, pese a su frustrada idea de realizarlo en Italia (invadida por Francisco I) dio probadas muestras de su prudencia, sagacidad, tacto y energía que le granjearon la admiración de todos. Por su valía es nombrado Rector de la Universidad de Salamanca (en el curso de 1528-1529), y Vice-escolástico, cargos que simultaneaba con el de Subcolector Apostólico, elegido por el Nuncio Pogio. El acierto con el que desempeñó su cargo en la Universidad se plasmó en los Estatutos que él mismo realizó y que se mantuvieron durante muchos años. Fue elegido Rector del Colegio de San Bartolomé en dos ocasiones, donde se licenció en Cánones (1531).
Acabados sus estudios, fue ordenado sacerdote comenzando su carrera eclesiástica en la propia Salamanca, pero la influencia del cardenal Juan Pardo de Tavera le lleva a ser nombrado Juez Metropolitano en la Catedral de Toledo y Vicario en Alcalá de Henares (1537). Sería en el propio Toledo donde conoce personalmente a Carlos V, el cual le favorece y autoriza para que se haga cargo de un difícil proceso de sacrilegio en Valencia que el Consejo de la Inquisición que no acertaba a resolver, nombrándole Oidor en el Consejo de la Suprema Inquisición, teniendo que abandonar el resto de sus cargos. Tras más de dieciocho meses de laboriosa investigación, entregó todo el proceso minuciosamente ordenado y resuelto a justicia, lo que le valió la admiración de los varones del Consejo de la Inquisición, e incluso la del propio emperador Carlos, quien le llamó a su cámara para oírle personalmente todo lo referente al caso.
Su primer cargo político fue el de Visitador de los Tribunales, Justicia y Hacienda de todo el Reino de Valencia en 1541, a petición de las Cortes de Monzón, un cargo reservado a los allí nacidos. Durante estos años (1542-1545), Pedro de La Gasca se dedicó a comprobar la labor de los funcionarios, la recaudación de impuestos y el respeto a los poderes reales, así como aplicar los juicios de residencia a los ministros de justicia y ocuparse del adoctrinamiento de los moros, adquiriendo durante su desempeño un notable conocimiento de las funciones gubernativas.
A pesar de ser un hombre de letras, las circunstancias hicieron que La Gasca mostrara que debajo de su hábito sacerdotal había también un valiente guerrero, heredero de los antepasados de su familia. En 1543 se tuvo constancia, de manera secreta, que el corsario otomano Barbarroja y los franceses planeaban desembarcar y saquear las costas valencianas y la islas baleares. El pánico cundió entre los caballeros que intentaban organizar la defensa, con Fernando de Aragón (viudo de Germana de Foix), duque de Calabria y Virrey de Valencia, a la cabeza, pero aparece en escena Pedro La Gasca, echándoles en cara su cobardía y mostrando que era posible una defensa fortificando las playas e islas con los medios de los que disponían. El plan se traza según las exigencias de La Gasca y los intentos de Barbarroja de desembarcar son duramente rechazados por las defensas realizadas, obligando a los berberiscos a desistir de sus intentos de asaltar las costas levantinas.
Pedro de La Gasca es aclamado como un hombre providencial, volviendo a Castilla en 1545.
Las noticias de revueltas sucedidas en Perú, con la rebelión de Gonzalo Pizarro, sublevado contra las Leyes Nuevas y el gobierno del virrey Blasco Núñez Vela, muerto en la batalla de Añaquito, hizo que se reuniera en el verano de 1945 el Consejo de Indias con el príncipe Felipe (el Emperador se encontraba en Alemania) para adoptar una solución al conflicto. Entre los miembros del Consejo estaban los cardenales Tavera y Laoisa, el obispo de Sigüenza (Consejo Real de Castilla), el presidente de la Chancillería y varios nobles, debatiéndose entre dos posturas: la de enviar a un ejército para reducir la rebelión por la fuerza, y poner a un militar con experiencia al mando; y la de enviar a un hombre de letras, negociador, que consiguiera la obediencia por la vía de la persuasión y los halagos. Se optó por la segunda opción, y parece ser que fue el propio Fernando Álvarez de Toledo, el Gran Duque de Alba, quien propuso el nombre de Pedro La Gasca como la persona más capacitada para encomendarle la difícil tarea, diciéndole al príncipe Felipe: “Señor, Gasca tiene aún más carácter y energía que yo”.
Tras mandar un emisario al Emperador para darle cuenta de lo sucedido y acordado por el Consejo de Indias, Carlos V, orgulloso con el desempeño de La Gasca en los asuntos encomendados anteriormente, no solo aprueba su nombramiento, sino que escribió de su puño y letra una carta (fechada el 17 de septiembre de 1545) manifestándole su complacencia por su nombramiento como Presidente de la Audiencia del Perú, estableciendo que abandonase todos sus cargos y realizase su salida hacia el Perú lo más pronto posible.
Más que murallas 